南大港湿地始终高度重视对湿地生态环境的保护工作，通过加强管护力量、提高巡护密度、严格枪支管理、严防盗猎、加大爱鸟主题宣传、增设鸟类投食点、动态监测鸟类活动情况等多措并举，有效保护湿地生态环境和鸟类栖息地的完整性，使湿地原始生态系统不断得到修复和完善，迁徙的候鸟种类和数量显著增多。